למרות שהפוליגרף נחשב לכלי המדויק ביותר הקיים כיום לזיהוי שקרים, חשוב להבין כי הוא אינו "קסם" ואינו חסין מטעויות. המדע שמאחורי הפוליגרף מבוסס על הנחות פיזיולוגיות שקיימות להן מגבלות מובנות. הכרת המגבלות הללו היא מה שמבדיל בין בודק חובבן לבודק מומחה.
להלן המגבלות המדעיות המרכזיות של המכשיר:
1. הפוליגרף אינו "מד שקר" ישיר
המכשיר לא מזהה "שקר" כפי שהוא מזהה חום או לחץ דם. הוא מודד עוררות של מערכת העצבים האוטונומית.
המגבלה: אין תגובה פיזיולוגית אחת שהיא ייחודית אך ורק לשקר. פחד, זעם, מבוכה, או אפילו צורך עז להטיל שתן, יכולים לייצר תגובות דומות בגרפים. המכשיר "רואה" דופק גבוה, הוא לא יודע להגיד אם הדופק עלה בגלל שקר או בגלל שהנבדק נבהל מהשאלה.
2. שונות בין-אישית בתגובתיות
בני אדם נולדו שונים זה מזה ביכולת התגובה של הגוף שלהם:
"מגיבי יתר" (Labile): אנשים שכל גירוי קטן גורם אצלם לקפיצה דרמטית בלחץ הדם והנשימה. אצלם הגרפים "רועשים" וקשה מאוד לבודד את תגובת השקר.
"מגיבי חסר" (Stabile): אנשים שמערכת העצבים שלהם רגועה מאוד, גם תחת לחץ כבד. אצלם הגרפים עשויים להיות שטוחים מדי (Flat Charts), מה שמוביל לתוצאה לא עקבית (Inconclusive).
3. תלות במצב הנפשי והפיזי של הנבדק
המכשיר מסתמך על תפקוד תקין של הגוף. המגבלות המדעיות צפות כאשר:
חוסר שינה: עייפות קיצונית משבשת את יכולת המוח להגיב לגירויים, מה שהופך את המדידה ללא אמינה.
תרופות וחומרים: חומרים המדכאים את מערכת העצבים (כמו כדורי הרגעה או אלכוהול) "מרדימים" את התגובות הפיזיולוגיות שהפוליגרף אמור למדוד.
כאב פיזי: כאב חזק במהלך הבדיקה מייצר תגובות "רעש" שממסכות את התגובות לשאלות.
4. המגבלה הקוגניטיבית: "האמת של הנבדק"
הפוליגרף מודד את מה שהנבדק מאמין שהוא האמת.
אם אדם סובל מזיכרון כוזב, אם הוא באמת ובתמים שכנע את עצמו שהשקר הוא אמת, או אם הוא סובל מהפרעה פסיכוטית – המכשיר לא יזהה סטייה פיזיולוגית. המכשיר בודק עקביות מול הזיכרון, לא מול "האמת האלוהית".
5. טעויות מסוג False Positive ו-False Negative
כמו כל מכשיר מדידה מדעי (מבדיקות דם ועד MRI), קיימות טעויות סטטיסטיות:
False Positive (טעות חיובית): מצב שבו אדם דובר אמת יוצא שקרן בגלל לחץ, חרדה או "פחד מהמכונה".
False Negative (טעות שלילית): מצב שבו שקרן עובר את הבדיקה כדובר אמת (לרוב עקב שימוש בטכניקות נגד מתוחכמות או חוסר תגובתיות פיזיולוגית).
